Vou mostrar neste post como é fácil executar um comando Java Script em Tempo de Execução com ASP.NET.
Usaremos neste exemplo uma mensagem de "alert", simplesmente. Mas você poderá, em tese, executar qualquer tipo de comando Java Script.
Para isso implemente o seguinte código (escolhi o evento Page_Load):
protected void Page_Load(object sender, EventArgs e)
{
ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(), "teste", "alert('Teste de Java Script bem sucedido!');", true);
}
Veja o resultado:

Alert Java Script
Muito simples! Espero que tenham gostado.